Tras unos años de expansión y crecimiento, el siglo XVII llegó para traer a la Universidad de Salamanca lo que algunos estudiosos han considerado una relativa decadencia. La pérdida de estudiantes, del carácter humanista de la Universidad o la disminución de las adquisiciones de la biblioteca fueron algunos de los factores que se sumaron al declive del Estudio salmantino, que se produjo especialmente a partir del segundo tercio del siglo.

Así, el siglo XVII fue un siglo en el que se perdió una buena parte de la cifra de estudiantes que había en décadas pasadas. Si a finales del XVI se matriculaban anualmente en la Universidad salmantina entre 6.000 y 7.000 estudiantes, a mediados del XVII esta cifra se quedaba en los 2.000. Unos estudiantes que a principios de este siglo se agrupaban por su procedencia regional en lo que se conocía como cofradías. En Salamanca había ocho y eran de Galicia, Portugal, Campos (que agrupaba a Castilla la Vieja y León), Vizcaya, Extremadura, La Mancha, Andalucía y la Corona de Aragón.

Por su parte, seguían primando las cátedras de Teología y Derecho y sus profesores eran los mejores pagados. Tanto es así que, según los datos que han llegado hasta nuestros días, a finales de siglo el 65% del presupuesto de los salarios era para los profesores de estas cátedras, mientras que el sueldo que percibían los de Matemáticas, Astrología y Música eran los más bajos del Estudio.

También fue el siglo XVII un siglo complicado para la Biblioteca del Estudio. Hacia 1610 la Biblioteca cuenta con unos 1250 volúmenes con saberes medievales pero va, poco a poco, disminuyendo las adquisiciones de nuevos fondos. Sin embargo, lo peor llegaría en 1664 cuando se derrumban las bóvedas de la sala de lectura y los libros que albergaba estarán guardados y amontonados hasta la década de los noventa de ese siglo.

A todo esto hay que sumarle, además, la pérdida de la función original de los colegios mayores salmantinos, la de ofrecer la posibilidad de estudiar a los jóvenes más pobres pero inteligentes. Y es que estas instituciones se llenaron de los miembros de la nobleza en este siglo, ya que el prestigio del título salmantino abría las puertas para obtener cargos importantes en la administración. Poco a poco los hijos de los nobles fueron llegando a estos colegios mayores, que funcionaban de forma democrática y eran los propios estudiantes los que decidían sobre el gobierno y la admisión de estudiantes. De esta forma, cuando los nobles fueron mayoría comenzaron a impedir el acceso de miembros que no fueran de la nobleza a través de exigencias como pruebas de limpieza de sangre.

Todo ello complicó el desarrollo de la Universidad de Salamanca, que hasta entonces había vivido una tendencia ascendente y había sido considerada la más influyente y el alma mater de muchas de cuantas se fundaron durante los siglos XV y XVI. Sin embargo, poco a poco la institución académica supo sobreponerse para llegar hasta nuestros días como hoy la conocemos.