Poco a poco, y casi sin darse cuenta, la Universidad de Salamanca pasó su quinto centenario y comenzó su andadura hacia el sexto. Unos años de contrastes en los que, por un lado, continuó el declive iniciado en el siglo anterior y, por el otro, el Estudio salmantino logró convertirse en el centro de la Ilustración española.

De esta forma, la decadencia y el declive que comenzó a notarse durante el siglo XVII hicieron mella en la institución académica y se prolongó durante los dos primeros tercios del XVIII. Durante esta época la Universidad se mantiene con cierto tendencia conservadora y tradicionalista con un claro predominio del Derecho y la Teología y su alumnado rondaría los 1.500 o 2.000 alumnos anuales. Además, si durante periodos anteriores el Estudio tenía una gran proyección en todo el territorio nacional e, incluso, en el extranjero, durante este periodo los estudiantes de otras regiones eligen otras universidades y los que llegan a la salmantina proceden de regiones como la Meseta Norte y Extremadura.

Sin embargo, el siglo XVIII fue un siglo de reformas para la universidad, especialmente durante el mandato de Carlos III. Unas reformas que sirvieron para que la USAL se convirtiera en el centro de la Ilustruación española, ya que se congregaron en ella numerosos personajes e intelectuales que, después, jugarían un papel importante en las Cortes de Cádiz. Quizá uno de los mejores ejemplos sea Diego Muñoz Torrero, que fue rector en 1787 y llegó a presidir las Cortes gaditanas.

Las reformas emprendidas durante este siglo consiguieron el desarrollo de Medicina, Física, Matemáticas y Letras Clásicas. Especialmente destacada fue la aprobada en 1771, ya que introduce nuevos enfoques y materias para el estudio como Derecho real o patrio, materias conciliares y colecciones canónicas antiguas, aspectos bíblicos, aritmética, geometría, álgebra o física experimental. El objetivo de todas las reformas acometidas era aumentar el poder y el control del Consejo Real sobre la universidad, por lo que se reforzó la figura del rector. De esta forma, los mandatos se limitaron a dos años y se reservó el cargo para graduados mayores y no estudiantes como venían siendo hasta la época. Se cree que pudo ser José Luis Munárriz el último rector estudiante entre los años 1771 y 1772.

Finalmente, y poco antes de que la Universidad de Salamanca cumpliera su sexto centenario, en 1807, se aprobó el plan de estudios de Caballero para poner en marcha un modelo que fuera uniforme para todas las universidades del reino. Un plan cuya aplicación se interrumpiría durante la Guerra de Independencia.

Además, el siglo XVIII también fue importante para la Biblioteca universitaria, ya que durante su primera mitad se renovó con nuevos locales y adquisiciones de fondos. No obstante, el impulso definitivo no llegaría hasta tiempo después tras la expulsión de los jesuitas ordenada por Carlos III. De esta forma, llegaron la Biblioteca más de 12.000 nuevo volúmenes, todos ellos procedentes del colegio de los jesuitas.

Tras este siglo, llegarían tiempos complicados para una universidad que se acercaba a sus seis siglos de historia y que viviría posteriormente tiempos de declive en el inicio de la edad contemporánea.